念珠菌生长在阴道内，因此最有效的方法是阴道直接给药，杀死念珠菌。常见药有以下几种：
1、达克宁栓
作用比较温和，对于初发的病人非常有效。使用方法为每晚洗净外阴后，将一粒达克宁栓放入阴道，连用7天，或者每天早晚各用一次，连用3天。
2、米可定泡腾阴道片
作用比达克宁栓更为强大，对于反复发作、久治不愈的念珠菌性阴道炎非常有效。洗净双手及会阴区，将药物放入阴道深部，药物可迅速崩解，发挥效力。一次1片，1日1-2片，一般治疗时间为2周。
3、制霉菌素
虽然是很传统的药，但它非常有效。对于念珠菌性阴道炎可用2%-3%的苏打液冲洗外阴及阴道或坐浴，轻轻拭干后，置制霉菌素栓剂于阴道深部，或用制霉菌素霜剂涂于阴道壁上，每晚一次或早晚各一次，共10-14天。
虽然一般说来7天就可治愈，但需要复查，免得念珠菌没完全消灭，过一段时间又来骚扰。国外医生对于不能按时复查的病人(如出差在外的人或是家境贫穷的人)，一般一次开出15天的药量，求得彻底根治。因为如果反复感染易产生耐药性，根治起来更为麻烦。
有些药物写着能治很多病，对念珠菌阴道炎有效、对宫颈糜烂有效、对滴虫性阴道炎也有效，妇科医生认为这类药反而没有针对性，建议不要购买。
大多数的阴道灌洗药物只是起到了改变阴道内环境的作用，阻止念珠菌的进一步繁殖，减轻一些患病症状，但并不能彻底根治念珠菌性阴道炎。
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