原发性结石的原因不明，所以称为“原发性”，约占肾结石总数的50%-60%；此类患者常常有地区性的集聚倾向，可能与地理环境、饮食习惯有关，如热带、山区、沙漠、干旱地带，或水质中含钙较高，维生素A不足，容易使泌尿系统的上皮细胞脱落形成结石的核心，尿中镁离子和柠檬酸缺乏容易使钙质沉淀，形成结石。譬如在我国南方，泌尿外科病人中以肾结石最为常见，但是在北方，肾结石只占泌尿系统疾病总数的10%-15%，据报道我国甘肃地区从未吃奶粉的婴儿中，肾结石的发生率高达5.6%。另外，个人体质和遗传因素也是诱发婴幼儿肾结石的重要原因。
继发性肾结石的原因比较明确，如泌尿系统畸形造成梗阻，使尿液浓缩，结晶沉淀，导致结石；泌尿系统感染造成细胞脱落，增加“核心”的数量，而且感染有利于磷酸盐沉淀，形成结石；缺钙可以促使甲状旁腺素分泌增加，促进破骨，使钙从骨质中释放出来，同时使肾脏对钙的重吸收增加，而抑制对磷的重吸收，结果使血钙直线上升，过多的钙只能从尿中排出，此时因尿磷也增多，极容易造成结石（据调查此类患者中60%合并肾结石），这是引起小儿肾结石最常见的原因之一；早产儿由于成熟度差，有结石的可能性比足月儿高4.5倍。其他如维生素D摄入过多，也容易形成结石。
尿酸、胱氨酸、黄嘌呤代谢障碍等引起的病例都属少见。
一般来说，只要肾结石的直径小于0.4厘米，90%都能自行排出，关键是要多喝水和碱化尿液。
肾结石对人体的危害
肾脏受损
如果肾结石出现长期肾盂积水、排尿困难、梗阻上部压力过大、肾脏血流减少、会导致肾萎缩小、肾功能减小、肾小管坏死、甚至失去肾功能。
局部损伤
肾结石的体积如果较小且活动较大，局部组织的受损就只有轻微的程度，肾结石如果体积较大并且呈鹿角状，就会产生纤维组织增生、中性粒细胞、溃疡以及淋巴细胞浸润，导致肾脏纤维化和肾盂和肾盏上皮细胞脱落。
尿路梗阻
尿路梗阻不仅是继发肾损害的主要因素，而且是最普遍的肾结石继发损害。尿路梗阻会出现梗阻以上的部位积水的症状。肾结石会导致梗阻以上部位承受压力过大、肾盂积水过久、排尿受阻、肾脏血流减少等危害。
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