肾囊肿的致病菌主要为大肠杆菌和其他肠杆菌及革兰阳性细菌。如副大肠杆菌、变形杆菌、粪链球菌、葡萄球菌、产碱杆菌、绿脓杆菌等。极少数为真菌、病毒、原虫等致病菌。多由尿道进入膀胱，上行感染经输尿管达肾，或由血行感染播散到肾。女性的发病率高于男性数倍。女性在儿童期、新婚期、妊娠期和老年时更易发生。尿路梗阻、膀胱输尿管反流及尿潴留等情况可以造成继发性肾盂肾炎。
肾脓肿通常是由于急性肾盂肾炎继续发展，发生坏死并形成含有脓液的腔。糖尿病和感染性结石通常是肾脓肿发病的潜在因素。偶尔肾囊肿继发感染也可形成肾脓肿。肾包膜下脓肿可发展为肾周脓肿，然而肾脓肿与肾周脓肿比较起来，单独存在的情况更少。致病菌通常是Gram阴性杆菌。金葡菌肾脓肿可继发于其他部位感染引起的葡萄球菌败血症。
1、发热 突然发生寒颤、高热，体温上升至39℃以上，伴有头痛、全身痛以及恶心、呕吐等。热型类似脓毒症，大汗淋漓后体温下降，以后又可上升，持续1周左右。
2、腰痛 单侧或双侧腰痛。有明显的肾区压痛、肋脊角叩痛。
3、膀胱刺激症状 由上行感染所致的急性肾盂肾炎起病时即出现尿频、尿急、尿痛、血尿，以后出现全身症状。血行感染者常由高热开始，而膀胱刺激症状随后出现。有时不明显。
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